Pues muy sencillo, pídele a la empresa en que trabajas que te entregue toda tu documentacipon fiscal (es tuya totalmente) así como facturas en blanco y demás. Y contrata un despacho que te lleve tu contabilidad o bien asesórate para llevarla tú mismo. 

Si se niegan vas a tener un pequeño problema, pero si se niegan puedes ir al SAT y solicitar toda la documentación que requieras para trabajar por tu cuenta. Seguramente te pagan por honorarios par ahorrase IMSS y demás prestaciones, pero no puede hacer nada con que digas que tu te haces cargo en lo sucesivo es más que suficiente.