Estimado Avalos_a_Jesús:

Las retenciones a que haces mención, IVA e ISR, son legales el fundamento lo encuentras en los siguientes artículos:

LIVA:

Artículo 1o.-A.- Están obligados a efectuar la retención del impuesto que se les traslade, los contribuyentes que se ubiquen en alguno de los siguientes supuestos:

I. ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

II.    Sean personas morales que:

a)        Reciban servicios personales independientes, o usen o gocen temporalmente bienes, prestados u otorgados por personas físicas, respectivamente

LISR

Artículo 127 Ultimo párrafo: 

 Cuando los contribuyentes presten servicios profesionales a las personas morales, éstas deberán retener, como pago provisional, el monto que resulte de aplicar la tasa del 10% sobre el monto de los pagos que les efectúen, sin deducción alguna, debiendo proporcionar a los contribuyentes constancia de la retención; dichas retenciones deberán enterarse, en su caso, conjuntamente con las señaladas en el artículo 113 de esta Ley. El impuesto retenido en los términos de este párrafo será acreditable contra el impuesto a pagar que resulte en los pagos provisionales de conformidad con este artículo

Ahora bien, me extraña, sin animos de ofender, que la persona moral acepte contratarte ya que mencionas que no estas dado de alta en el SAT y para la empresa, si no le entregas un comprobante fiscal debidamente requisitado, para esta, el gasto es no deducible

saludos