Buen dia mi amigo:

Yo fui militar tambien y tenemos que recordar que la deserción es un delito ante justicia militar y no hay amparo en contra de dicha acción legal.

Al tu desertar, y cometer el delito, estas renunciando completamente a tus derechos por parte del ISSFAM.

Puedes demandar que te devuelvan tus papeles, pero si quieres cobrar el dinero que te corresponde, es iniciar un juicio laboral, que honestamente se va a llevar unos 3 o 4 años y posteriormente va a fallar en tu contra,

Pero claro que se puede intentar

Saludos