Buen día Sr. Armando, por lo que usted comenta supongo que ya revisó en el libro de nacimientos que efectivamente la anotación ordenada por el juez ya se realizó, ahora le sugiero que si cuenta con la copia certificada de dicho libro o en caso contrario solicítela (OJO: copia certificada del libro no acta de nacimiento) y con esa misma acuda a solicitar nuevamente su acta haciendo mención de la anotación marginal en que ordenan agregar la "Y" a su apellido, verifique que en la copia de la solicitud que le entregan para pasar a recogerla posteriormente especifiquen que el documento que usted presentó para su solicitud es la copia certificada del libro.

Si ya realizó estos pasos y aún así le entregan nuevamente el acta sin la "Y" correspondiente, entonces le recomiendo que primero realize un escrito dirigido al Director del Registro Civil haciendo mención de su situación, de la órden emitida por el juez, de la anotación que ya aparece en el libro de nacimientos y de la negativa a expedirle su acta con dicha modificación anexando la copia del libro y su acta de nacimiento como se la entregan, solicitando precisamente que le expida su acta con los datos correctos, fundaméntese en la ley, no conozco la redacción exacta de la ley civil de Monterrey, pero le recomiendo que busque en el Código Civil de ese Estado el artículo similar del Código Civil de Oaxaca que dice:

Artículo 46.- La falsificación, alteración o enmienda de propia autoridad, de las actas del registro civil y las inserciones en ellas de las circunstancias o de declaraciones prohib por la Ley, causarán la destitución del Oficial del Registro Civil o empleado que incurra en estos hechos, sin perjuicio de las penas que  le correspondan en la forma y términos previstos en el Código Penal.

Espero que esto le sirva, saludos.