Estimado consultante:

El equívoco es suyo. 

La jornada laboral debe pagarse íntegra con independencia de la temporalidad convenida con el trabajador para la liquidación y entrega de su salario, ya sea semanal, quincenal o mensualmente.

Si una quincena comprende 16 días laborados, Usted debe pagar 16 días de salario. Si una quincena comprende 13 o 14 días, Usted debe pagar 13 o 14 días.

No hay mucho que hacerle entender a su trabajador, pero parece que a Usted sí.

Saludos cordiales.