hola buen dia , mi pregunta es la siguiente

CUANDO SE OTORGA UN AMPARO INDIRECTO Y SE GOZA LOS BENEFICIOS,  AL PRESCIBIR ESTE AMPARO O AL DEJARLO SIN EFECTOS POR ORDEN DEL JUEZ ,ESTOS BENEFICIOS TERMINAN EN ESTE MOMENTO O ES RETROACTIVO EL CUMPLIMIENTO DEL BENEFICIO.

ES DECIR LOS BENEFICIOS QUE ORTORGA EL JUEZ PARA CUALQUIERA DE LAS PARTES QUEDAN SIN EFECTOS EN PERJUCIO DE ALGUAN DE ELLAS. O BIEN PUEDE OBLIGAR AL RESTITUIR EL DAÑO O LA ACCION DE LA CUAL SE AMPARO LA PERSONA?.

No se entiende tu pregunta, además que se debe estar a la "materia" del amparo concedido, es decir, si verso sobre derechos estricatemente personales o no, en cualquier caso, se reqieren más datos.

bien  los datos son los siguientes:

es un amparo promovido por X empresa en la Suprema Corte de Justicia, contra el decreto que reforman, adicionan y derogan diversas disposiciones de la ley del seguro social  publicada en el diario oficial de la federación especificamente en el articulo 5 fracción XVIII, que señalan los elementos que integran el salario base de cotización pero sin mencionar la forma de integarción del mismo.

este amparo fue otorgado favorablemente para esta empresa, en el año 2006, pero actualmente se promulgo una reforma a la mencionada ley, la cual deja sin efectos el amparo promovido por la empresa, el cual tenia el objeto de no pagar ciertas elementos integrantes del salario.

mi pregunta es ¿ si esta reforma tiene efectos retroactivos en perjuicio de mi empresa, si estará obligada a pagar las cuotas anteriores o que sucede con el amparo promovido al entrar en vigor la nueva reforma?

Ok, en tu asunto no puedes ser obligado a pagar las cuotas anteriores (antes de la reforma), porque ya existió cosa juzgada; sin embargo, si la nueva reforma te obliga, será a partir de que entre en vigor ésta y, por ende, para que deje de surtir efectos el amparo que te fue concedido, lo que obvio, al tratarse de una nueva situación, también puede ser materia de impugnación en un diverso juicio de amparo.

Muy bien el comentario del forista Lex78; ya que si la ley fue reformada la situación juridica es diferente y si consideras que la nueva ley es anticonstitucional puedes recurrir nuevamente al juicio de garantías