Estado de Referencia: Baja California

Mi esposa es encargada pagos en una empresa donde lleva el control de bancos, entrego un cheque a un proveedor que no tenia fondos  por el momento  y asi se lo hizo saber al proveedor que insistio en que se lo entregaran para no volver otra vez, por algun motivo desconocido el proveedor intento cobrar el cheque sin que mi esposa le haya autorizado para cobrarlo en lo cual habian convenido, esto genero una comision de 1000 pesos. Ahora su patrona le quiere descontar ese dinero de su sueldo. Es legal esto? en caso contrario que puede hacer para evitar que le descuenten? Por otra parte desde hace tiempo estan presionandola para que renuncie para lo cual es blanco de gritos y regaños por  cualquier motivo. Puede ella dejar de ir y poner una queja en conciliacion y arbitraje alegando despido injustificado?.