Estado de Referencia: Distrito Federal

La empresa en la que laboré hasta hace una semana me pagó un curso y me hizo firmar un "contrato" que me obligaba a quedarme por un año en ella o a pagar el curso en su totalidad (incluidos intereses) si yo decidía renunciar antes de este plazo, lo cual sucedió, yo no tengo inconveniente con hacer ese pago de inmediato, sin embargo, la empresa decidió no pagarme la última quincena y tomarlo como parte del pago del curso, además de una parte de la quincena anterior que no se me pagó completa, no se acordó de esa manera, la empresa simplemente lo decidió ya que dice que es un procedimiento que la misma tiene, en ninguna parte del contrato decía que se tomaría de esta manera. ¿Es correcto que la empresa haya hecho esto? ¿Legalmente no hay más opciones? Ya que no me parece justo que se disponga de MI salario, sin haberlo acordado.