Estado de Referencia: Aguascalientes

estoy casada por bienes separados desde el 27 de julio del 2013 por que estaba embarazada, el 28 de noviembre se fue mi esposo de la casa sin siquiera decirme nada cuando regrese a la casa estaba vacia y solo estaba una nota diciendome que tenia 2 horas para irme de la casa, no lo he vuelto a ver y cuando le llamo me manda a buzon, ya nacio mi bebe y queria registrarlo con los apellidos de los 2, pense que con llevar los requisitos como el acta de matrimonio era suficiente, cuando pedi una copia certificada de su acta de nacimiento su nombre era diferente, el acta de nacimiento que el presento cuando nos casamos tenia el nombre de mario garcia nadamas era aun acta que el saco en el 2010 y en esta acta de nacimiento tiene el nombre de mario fuertes garcia ya que en 1990 su papa lo reconocio y le dio su apellido, no se si mi matrimonio es valido?? y en el registro civil me dijeron que si mi esposo no va conmigo no puedo registrar con su apellido a mi hijo eso es cierto?