Estado de Referencia: Distrito Federal

tengo trabajando 5 años en la empresa no he tomado la totalidad de mis vacaciones pero nunca me han pagado mi prima vacacional.

al solicitar el pago de la prima me la calculan conforme a los sueldos que tenia en los distintos años, es esto correcto o me  la tendrian que pagar con mi ultimo sueldo

Pues la prima vacacional, se paga de acuerdo al salario cuota diaria vigente en el momento que le corresponde el periodo vacacional. 

El patrón tiene legalmente el deber y la facultad, de señalarle la fecha en que deba disfrutar el trabajador su periodo vacacional anual (Calculado conforme a lo estipulado por la ley) y está inexcusablemente obligado a acatarlo, dentro de los seis meses siguientes al cumplimiento del año de servicios del trabajador, éste por su parte deberá hacer uso de ese periodo dentro del término señalado por el patrón (Aunque algunos patrones dependiendo de sus posibilidades permiten al trabajador señalar la fecha del periodo de común acuerdo), El trabajador no puede exigir que se le señale el periodo vacacional (Y consecuentemente el pago de la prima vacacional), sino hasta después de transcurridos los seis meses citados, sin que se le haya otorgado, (Tiempo preciso en que se hace exigible el derecho y empieza a correr el término de prescripción),pero a partir de ese momento, solo tiene un año para hacerlo, ya que ese derecho prescribe transcurrido éste (O sea que ese derecho prescribe al año y seis meses, de haberse cumplido cada año de servicios), por lo que si aún se está dentro del plazo, se pueden reclamar las vacaciones que se le adeuden, del periodo anterior. De la misma manera se debe cubrir la prima vacacional, que no puede ser menor al 25 % del salario cuota diaria.

Lo cual quiere decir que si le pagan la prima vacacional de periodos ya prescritos, pues debe darse por bien servido.