Estado de Referencia: Coahuila

buenas tardes

Quisiera que me orientaran respecto a los finiquitos que cobra el IMSS, cuando das por terminada una obra, resulta que yo en octubre del 2011 empeze a construir mi casa, fui voluntariamente a darme de alta como patron y dar de alta la obra y a los trabajadores y los daba de baja cuando dejaban de hacer trabajos, y de alta cuando reanudaban los trabajos en la contruccion, por estos periodos yo estuve pagando cuotas mensual y bimestralmente, y ahora cuando mi casa ya esta al 80% me acerco al IMSS para preguntar que se requiere para dar de baja la Obra, y me salen con que tienen que ir a checar la construccion y me elaboran un calculo donde ahora resulta que tengo que pagar una diferencia, me explican que de acuerdo al num de mª por el precio de mano de obra publicado en el DOF, yo deberia haber pagado mas de cuotas,

Mi duda es: es correcto y legal que el IMSS haga esto, puesto que yo cumpli con mi obligacion de darme de alta y a los trabajadores y pagar las cuotas, y ahora el imss me diga cuanto debi pagar de mano de obra?