Estado de Referencia: Guanajuato

Necesito saber legalmente que es lo correcto en cuestion de apellidos al hacerse mexicano. Soy nacida en EU y me hice mexicana en el 2000, la SRE me dio mi carta donde me declaraban mexicana por nacimiento y me pusieron mi nombre completo con todo y el apellido materno. Con el paso de los años todos mis documentos oficiales, de estudios, propiedades, cotizacion ante y el Imss y mis diferentes actas ante el registro civil siguieron con los dos apellidos. Ahora me dicen en la misma SRE que esta mal! QUe debo cambiar todo a que aparesca solo mi apellido paterno. Que me pueden acusar de un delito. Porque por ejemplo al viajar mi pasaporte americano tiene un apellido y el mexicano los dos y eso es delito! Que hago? Todo esto finalmente no fue mi culpa y ahora quiero evitar algun problema en el futuro! Grs.