Estado de Referencia: Colima

Mi problema es el siguiente:

Yo naci en estados unidos. Mis papas son Mexicanos. Al nacer, me registraron con mi nombre (Que es el mismo que el de mi papa) el apellido paterno y al final el JR. A los tres años regrese a Mexico con mi madre y ella no tuvo la orientacion correcta y me registro solo con mi nombre, apellido pater y el apellido materno; y asi creo en mi dos personas distintas, por asi decirlo. Tengo todos mis papaeles de estudios con ese apellido, pero actualmente quiero tramitar todos mis documentos mexicanos (credencial de elector, registro de nacionalidad mexicana, licencia, pasaporte mexicano, etc) con el mismo nombre como estoy registrado en eua (NOMBRE, APELLIDO PATERNO Y JR AL FINAL) ¿Es necesario tener el mismo nombre en estados unidos y en mexico, para poder viajar a eua y que no se me complique al pasar? ya que despues de haber regresado a Mexico ya no volvi a estados unidos, hasta hoy que tengo 25 años. No quiero perder mi nacionalidad americana o que no me dejen pasar por esto. Espero me ayuden.

Gracias.