Estado de Referencia: Puebla

Hola buena noches, mi duda es la siguiente. Soy mamá soltera de una niña de 5 años y acabo de tener otra beba, de ésta ultima no estoy segura de la paternidad ya que tuve una pareja con la cual estuve viviendo por mas o menos 2 años, pero al final de la relación tuvimos problemas y tuve relaciones con otra persona, así que hay un 50% de probabilidades de que no sea hija de mi ex pareja, sin embargo eso no lo sabe él y actualmente aunque tenemos muchos problemas y casi no nos soportamos, seguimos en contcato por la beba... aún no la he registrado pero mi pregunta es... ¿habrá problemas legales más a delante para mi si no le informo mis sospechas y dejo que la registre con sus apellidos? otra ¿Cuáles son los derechos que el ganaría al registrarla con su apellido, hay riesgo de que pelee su tutela? por favor ayudenme  tomar una buena decisión ya que con mi primogénita solo la registré con mi apellido y yo me he hecho cargo de ella en todo y hemos sido muy felices, del padre ni sus luces en todo este tiempo. gracias